Если нужно явно показать наценки заказчику, лучше добавлять её в конце сметы или в конце каждого сметного этапа.
Также это могут быть и налоги на упрощенной системе налогообложения (УСН). В данном случае заказчик будет видеть, что эти деньги он оплачивает не вам, а они уходят на налоги.
Аналогично можно сделать и со скидками. Добавляйте скидки к общей сумме сметы или к каждому этапу по отдельности, чтобы привлечь внимание заказчика.